อำเภอสามโคกเดิมเป็น “เมืองสามโคก” เพราะมีโคกโบราณอยู่ในเมือง 3 แห่ง เมืองสามโคกเป็นเมืองเก่าแก่มาช้านาน ปรากฏหลักฐานเมื่อหลังแผ่นดินสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ครั้งกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี ที่ตั้งดั้งเดิมของเมืองสามโคกอยู่ที่บริเวณวัดพญาเมือง (ปัจจุบันเป็นวัดร้างอยู่ใกล้ ๆ กับวัดป่างิ้ว) เมื่อเสียกรุงศรีอยุธยาแก่พม่าครั้งที่ 1 ในปีพ.ศ. 2112 เมืองนี้ได้ร้างไป
จนถึงพ.ศ. 2203 ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช สมิงเปอกับพรรคพวกมอญด้วยกัน 11 คน ได้พาครอบครัวมอญประมาณหมื่นคนอพยพหนีการกดขี่ของพม่าเข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารสมเด็จพระนารายณ์มหาราช พระองค์ได้โปรดเกล้าฯ ให้ไปตั้งบ้านเรือนอยู่ที่ “บ้านสามโคก” ริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันตก (บริเวณระหว่างวัดตำหนักกับวัดสะแก) ชุมชนมอญได้ขยายตัวเจริญรุ่งเรืองขึ้นตามลำดับ จึงได้ตั้งเป็นเมืองขึ้นในบริเวณใกล้กับวัดสิงห์และใช้ชื่อว่า เมืองสามโคก