วัดสามโคก สร้างขึ้นเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม พ.ศ. 2100 โดยชายชราชาวมอญสองพี่น้องที่ได้อพยพลงมาจากเมืองหงสาวดี มีหลักฐานปรากฏเดิมมีชื่อว่า วัดเก๊าะปิ้น เป็นคำรามัญ เก๊าะ แปลว่า คอ ปิ้น แปลว่า ใหญ่ รวมแล้วแปลว่า “วัดคอใหญ่” ผู้พี่สร้างวัดเก๊าะปิ้น คนน้องได้สร้างวัดป่าฝ้าย ปัจจุบันได้รวมเป็นวัดเดียวกันชื่อว่า วัดสามโคก
ในช่วงเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 1 วัดนี้ได้จัดงานฉลองอุโบสถ วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 23 กรกฎาคม พ.ศ. 2117 ทางวัดได้เปิดการสอนพระปริยัติธรรมเริ่มมาตั้งแต่ พ.ศ. 2500