วัดบางแพรก สร้างขึ้นเมื่อประมาณ พ.ศ. 2240 ในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เดิมชื่อ วัดละครทำ ชื่อนี้ว่ากันว่ามาจากคณะบุคคลที่มาสร้างวัดแห่งนี้เป็นชาวคณะละครรำ แต่เนื่องจากตั้งอยู่ริมคลองบางแพรกจึงเรียกชื่อวัดตามชื่อคลอง ตามหนังสือ ทำเนียบคณะสงฆ์ ของกระทรวงธรรมการ พิมพ์เมื่อ ร.ศ. 123 (พ.ศ. 2448) ได้มีชื่อวัดบางแพรกแล้ว วัดได้กลายเป็นวัดร้างในช่วงเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 เช่นเดียวกับวัดอื่น ๆ อีกหลายวัดในบริเวณคลองอ้อมนนท์ จนถึงสมัยรัตนโกสินทร์มีชาวบ้านมาอยู่ที่ชุมชนบางแพรก และมีพระสงฆ์มาอยู่จำพรรษาที่วัดบางแพรกและได้บูรณะจนเป็นวัดที่มีพระสงฆ์อยู่ประจำเรื่อยมา
วัดบางแพรกได้มีการบูรณะเสนาสนะต่อเนื่อง จน พ.ศ. 2364 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการขอพระราชทานวิสุงคามสีมา ในปัจจุบันพระครูเกษมธีรคุณ (สรธร ญาณเมธี) หรือพระอาจารย์มหาธีร์ ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส