วัดกุฎีทองตั้งเมื่อ พ.ศ. 2271 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อ พ.ศ. 2271 เดิมชื่อว่า วัดเซิงหวาย มีตำนานเล่าว่า เมื่อครั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา มีชายคนหนึ่งมานอนหลับอยู่ที่วัด ชายคนนี้นอนกรนเป็นเสียงดนตรี เจ้าอาวาสพิจารณาดูลักษณะของชายผู้นั้นแล้วพูดขึ้นว่า “ขอให้รักษาเนื้อรักษาตัวให้ดี ต่อไปวันข้างหน้าจะได้เป็นใหญ่เป็นโตในแผ่นดิน” ชายผู้นั้นพูดว่า “ถ้าเป็นจริงดั่งคำกล่าวของท่านอาจารย์ จะกลับมาสร้างกุฏิทองถวาย” แล้วกราบลาเจ้าอาวาส เดินทางมุ่งทิศตะวันออกบ่ายหน้าเข้ากรุงศรีอยุธยาเพื่อเข้าสมัครเป็นทหารในกองช้างของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ต่อมาชายผู้นั้นมีพระนามว่า พระเพทราชา เป็นนายกองช้างที่มีความสามารถอย่างยิ่ง ซึ่งต่อมาได้ทรงขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าแผ่นดินกรุงศรีอยุธยา ด้านการศึกษา มีโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกธรรม เปิดสอนเมื่อ พ.ศ. 2457 และศูนย์อบรมเด็กก่อนเกณฑ์ในวัด เปิดสอนเมื่อ พ.ศ. 2517

อาคารเสนาสนะ ประกอบด้วย อุโบสถ ศาลาการเปรียญ สร้างเมื่อ พ.ศ. 2466 เป็นอาคารไม้ทรงไทย หอสวดมนต์ เป็นอาคารไม้ทรงไทย กุฏิสงฆ์ จำนวน 21 หลัง เป็นอาคารไม้ 15 หลัง ครึ่งตึกครึ่งไม้ 6 หลัง วิหาร 1 หลัง ปูชนียวัตถุ มีพระประธานประจำอุโบสถ ภายในวัดมีโบราณวัตถุที่สำคัญชิ้นหนึ่งคือ บุษบกสลักด้วยไม้ประดับกระจกจำนวน 1 หลัง และเสลี่ยงพระเพทราชา ชาวบ้านกุฎีทองเชื่อกันว่าเป็นพระราชยานที่พระเพทราชาประทับมาเมื่อครั้งเสด็จมาสมโภชเฉลิมฉลองวัดกุฎีทอง