วัดบัวขวัญ เดิมเป็นเพียงสำนักสงฆ์ ต่อมาเมื่อมีพระสงฆ์มาจำพรรษา และปฏิบัติสังฆกรรมมากขึ้น จึงได้รับการพัฒนาขึ้นมาเป็นวัดเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2435 มีนามว่า “วัดสะแก” โดยมีพระครูปรีชาเฉลิม จากวัดเฉลิมพระเกียรติวรวิหาร เป็นผู้เริ่มสร้างวัด และเป็นเจ้าอาวาสในช่วงแรก
พ.ศ. 2491 พระอธิการพยุง จตฺตมโล จากวัดกำแพง ได้รับนิมนต์จากชาวบ้านให้มาเป็นเจ้าอาวาส เนื่องจากการมรณภาพของหลวงพ่อฉ่ำ อดีตเจ้าอาวาส จากนั้นจึงได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์เรื่อยมา กระทั่งมีผู้มีจิตศรัทธานามว่า นายบัว ฉุนเฉียว บริจาคที่ดินให้กับวัด ซึ่งในเวลาต่อมาจึงได้เปลี่ยนนามวัดเป็น “วัดบัวขวัญ” เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้บริจาคที่ดิน และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 24 มกราคม พ.ศ. 2506 โดยมีพระอธิการพยุง จตุตมโล เป็นเจ้าอาวาสถึงปี พ.ศ. 2520 จากนั้นมีพระอธิการบุญช่วย ปุญญคุตฺโต (พระครูมงคลประชานาถ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสถึงปี พ.ศ. 2530 จากนั้นในปี พ.ศ. 2537 พระมหาไสว สุขวโร (ป.ธ.4) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบางแพรกเหนือ ได้มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสจนถึงปัจจุบัน
ปัจจุบันวัดบัวขวัญมีความเจริญทั้งด้านถาวรวัตถุ ปรับปรุงภูมิทัศน์ ตลอดทั้งให้ความสำคัญด้านการศึกษาพระปริยัติธรรม กระทั่งมีการจัดตั้งโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัดนนทบุรี แห่งที่ 1 ขึ้น และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกวัดราษฎร์ขึ้นเป็นพระอารามหลวง ชั้นตรี ชนิดสามัญ ในวันที่ 29 เดือน มิถุนายน พ.ศ. 2551