วัดทินกรนิมิตตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 2394 สันนิษฐานว่าสร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาแต่ได้ชำรุดทรุดโทรมจนกลายสภาพเป็นวัดร้าง เพราะทางวัดได้ขุดพบอิฐมอญฐานกำแพงแก้วรอบอุโบสถเก่า เป็นอิฐสมัยกรุงศรีอยุธยา ต่อมาพระองค์เจ้าทินกรได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์เป็นครั้งใหญ่เปรียบเสมือนได้สร้างขึ้นมาใหม่ ตั้งชื่อว่า วัดบางด้วน เนื่องจากบริเวณวัดเป็นคลองด้วนที่มาสิ้นสุดตรงบริเวณวัด แต่ชาวบ้านมักเรียกสถานที่ที่เป็นย่านว่า บาง จึงเรียกว่า “บางด้วน”

ต่อมาเมื่อสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรสได้เสด็จมาตรวจเยี่ยมวัดต่าง ๆ ในเขตจังหวัดนนทบุรี เมื่อทอดพระเนตรสถานที่ตั้งวัดบางด้วนแล้ว ได้ทรงปรารภกับเจ้าคณะพระสังฆาธิการจังหวัดนนทบุรีในสมัยนั้นว่า ชื่อวัดบางด้วนไม่ตรงกับสภาพความเป็นจริง ควรจะใช้ชื่อว่า วัดคลองด้วน จึงได้เปลี่ยนชื่อมาชื่อนี้ ต่อมาในสมัยพระเทพเมธี (บุนนาค ชินว้โส ป.ธ.๙) เมื่อครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่พระศรีวิสุทธิเมธี เป็นเจ้าอาวาสวัด ได้เสนอเปลี่ยนชื่อว่ามาเป็น “วัดทินกรนิมิต” เพราะเห็นว่าพระองค์เจ้าทินกรเป็นผู้ทรงสร้าง ในครั้งที่ตามเสด็จพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวมาวัดเฉลิมพระเกียรติวรวิหาร ชื่อวัด ทินกรนิมิต มีความหมายดังนี้ ทินกร มาจากพระนามของพระองค์เจ้าทินกร ส่วน นิมิต หรือ เนรมิต ซึ่งแปลว่า “สร้าง” เมื่อรวมกันแล้วจึงแปลว่า “วัดที่พระองค์เจ้าทินกรทรงสร้าง'” วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2550